罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖工业中心，另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像，万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。在回归正常的外表下，在这个世界的黑暗深处，新的阴谋正在悄悄临近。包括富有正义感的X战警在内的变种人，在普通人眼中代表着社会新物种对旧人类的挑战与威胁，因此他们必须在充满歧视和敌意的环境里挣扎求存。